Listo

Abre la Terminal, entra en la carpeta de un proyecto y escribe:

theus

Para conectar tu cuenta de theus.pe:

theus login

Si tenias una terminal abierta desde antes, abre una nueva.

¿Ya tenias Theus instalado de otra forma? Si lo instalaste antes por npm o con el script, esa copia puede seguir tapando a esta: el sistema ejecuta la primera que encuentra, no la mas nueva. Comprueba cual manda con:

which -a theus

Si arriba aparece una ruta distinta de /usr/local/bin/theus, quita la vieja (npm rm -g theus-cli) o abre esa ruta y borrala.
Documentacion: docs.theus.pe